Responsable thématique : Pr FAYEKETTE Hortense
Scientifique associés : Pr N’Douba Kakou, Pr M’Bengue Gbonon, Dr Adjogoua Edgard
Collaborations
Locales : programmes nationaux de santé, IPCI, INHP, DC PEV
Extérieures : RIIP, OMS, RSI
Soutiens financiers : RIIP, Budget IPCI, OMS
Contexte et justification de la thématique
L’IPCI est très impliqué dans les activités des grands programmes nationaux de santé en Côte d’Ivoire. L’institut héberge 20 centres nationaux de référence en son sein par un arrété inteministériel (juin 2006) entre le Ministère de la santé et le Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche scientifique.
Les CNR ont les missions suivantes : surveillance et veille microbiologique (site sentinelles, enquête), expertise en microbiologie (confirmation des cas…), alerte et reporting, et conseil aux autorités.
Plusieurs travaux de recherche découlent des activités des CNR.
Objectifs des programmes
Cette thématique se décline en quatre programmes :
1. Pathogènes responsables de méningites et d’encéphalites
2. Pathogènes entériques
3. Virus responsables d’hépatites viralers
4. Agents impliqués dans les infections sexellement transmissibles
Programme IV- 1 : Méningites et encéphalites
Coordonnateurs:PrKACOU-N’DOUBA, Dr ADJOGOUA Edgard
Scientifiques associes : Dr Adjogoua, Dr Kangah, Dr Okpo, Mr Nguessan, Mr, Florentin, Mr Anne JC, Dr Kassi, Dr Houedanou, Dr Traoré V
Collaborations
Locales : service de neurologie chuc, services des maladies intectueuses de trecheville, Hopitaux Généraux, Laboratoires de Bactérologies des CHR Yamoussoukro, CHR Abengourou et CHR Korhogo
Extérieures : Dakar (senegal), centre hospitalier universitaire de Fann : service des maladies infectueuses, centre hospitalier universitaire principal : service de medecine interne et service d’anesthésie-réanimation, centre hospitalier universitaire principal : service d’anesthésie-réanimation
Bangui (république centrafricaine) : centre hospitalier communautaire : unité de soins intensifs, centre hospitalier de l’amitié : service de neurologie, service des maladies infectueuses et service de réanimation méningites : FSP/IPP
Soutiens financiers : FSP, ACIP, RIIP, IPCI, AMP
Contexte et justification
Les pathogènes du système nerveux sont dominés par les méningites et les encéphalites. En dehors des méningites purulentes dont l’étiologie est dominée par streptococcus pneumoniae, Neisseria meningitidis et haemophilus influenzae, les méningites à liquide claire posent un problème de diagnostic étiologique dans notre contexte. Dans le littérature, les virus sont souvents incriminés. Il est de même en ce qui concerne les encéphalites pour les lesquels il n’existe aucune donnée locale. Il est donc difficile d’apprécier le poids de ces agents.
Les stratégies de lutte contre ces agents reponsent non seulement sur une prise en charge précose mais aussi sur la prévention et notamment sur la vaccination. Ces stratégies ne pourront être éfficace que si les variants viraux et bactériens sont identifiés. Le développement d’outils moléculaires contribuera à l’amélioration de la détection de ces pathogènes.
En outre, en dehors des virus, la recherche des parasites et des champignons doit être envisagée notamment chez les patients vivant avec le VIH/SIDA.
Objectifs du programme
1. Améliorer la détection des agents pathogènes du système nerveux central
2. Etudier les variants bactériens et viraux responsables de méningites et d’encéphalites
3. Etudier la réponse de l’hôte vis-à-vis de ces variants
Décomposition du programme en 2010 et 2011
1. Détection de nouveaux virus impliqués dans les encéphalites chez l’homme en Afrique centrale et de l’Ouest
2. Etude phénotypique et génotypique des souches de Neisseriameningitidis isolées de l’épidémie de 2012 en Côte d’Ivoire
Perspectives
· Génotypages des isolats
· Etude des résistances aux antiinfectieux
Programme IV-2 : Pathogènes entériques
Coordonnateurs : Dr Bakayoko Souleymane
Bactéries : Dr Coulibaly Kalpy/ Anne JC / Kakou Solange
Virus : Mme Akran V/ Dr Boni Cisse Catherine
Collaborations
Locales : INPH, Hôpitaux Généraux
Extérieux : IPP Laboratoire du choléra
Soutiens financiers : ONG Médecin sans frontière, IPCI
Contexte et justification du programme
Les pathogènes antérovirulents sont responsables de deux grands groupes de maladies. Les maladies liées à l’alimentation (restauration collectives, aliments de rue, aliments précuisinés) et les maladies liées à l’environnement notamment aux variations des écosysèmes (urbanisation, quartiers précaires, eaux contaminées). Au total, 450 pathogènes liés à l’alimentation ont été récensés par l’OMS. Les questions d’intérèts soulevées par les pathogènes entérovirulents sont relative notamment aux difficultés de diagnostic, à la capacité de certains d’entre eux à determiner des épidémies et à se maintenir dans des niches écologiques environnementales ou des réservoirs animaux. En effet, la détection de certains virus des gastroentéries est difficile car dans leur grande majorité ils ne sont pas cultivable in vitro. En outre, un vaccin n’est pas encors disponible pour la plupart des pathogènes entérovirulents. La Côte d’Ivoire constitue une zone ou ces pathogènes sévissent à l’état endémo épidémique.
La nouvelle épidémie de choléra au cours de l’année 2011 à Abidjan, l’émergence de nouveaux sérovars de salmonella et les rotavirus dans les diarrhées infantiles rappellent que les pathogènes entériques représentent toujours un grand problème de santé publique dans notre pays.
Objectifs du programme
· Etudier les principaux pathogènes entériques responsables d’épidémie
· Analyser et comparerles souches humaines, animales et environnementales
· Etudierles écosystèmes et les réservoirs potentiels
Décomposition du programme en 2010-2011
· Détection des toxines de Vibriocholerae O1 par PCR lors des épidémies de 2011
· Etude bactériologique des eaux de surfaces dans la ville d’Abidjan après l’épidémie de choléra de 2011
· Surveillance moléculaire des germes pathogènes de la lagune Ebrié (2010) (Abidjan)
· Détection d’entérovirus dans les eaux usées urbaines à Abidjan
· Caractérisation moléculaire des entérovirus non poliovirus(ENPV) isolés en Côte d’Ivoire de 1996 à 2006.
· Emergence et caractérisation des génotypes atypiques de Rotavirus à l’hôpital méthodiste de Dabou, Sud Côte d’Ivoire
Perspectives
· Poursuite des travaux sur les Enterovirus non Polio, les Rotavirus et le choléra
Programme IV- 3 Virus des hépatites
Coordonnateur : Dr Kouassi-M’ Bengue Alphonsine
Scientifiques associés : Pr Patrick Labonté, Dr Sévédé Daouda, Pr Louhouès Kouacou Marie Jeanne, Dr Siransy Lilianne, Koussi M’Bengue, A Nassirou Faissal, Doumbia Moussa, Folquet Amorissani M, Denoman R S, Doumbia M, Adoubi I, Camara B, Attia A
Collaborations
Locales : unité de microbiologie moléculaie de l’IPCI, centre national de transfusion sanguine, service de gastro-entérologie du CHUC, hôpital général de jacqueville-service de pédiatrie, CHU de cocody service de pédiatrie, CHUT service de cancérologie, CHUC service d’hépato gastroentérologie, CHU yopougon-service d’hépato gastroentérologie
Extérieures : RIIP
Soutiens financiers : IPCI, IPP
Contexte et justification du programme
Les hépatites virales demeurent un problème de santé publique dans le monde. La gravité des hépatites dues aux virus B et C réside dans leur évolution possible vers la chronicité, la cirrhose hépatocellulaire et le cancer de foie.
Des enquêtes de séroprévalence en Côte d’Ivoire montrent que l’hépatite virale B est la première cause des hépatopathies choniques suivie de l’éthylisme et de l’hépatite virale C avec les taux respectifs de 63,51 %, 22% et 14,5%. La charge virale est apparue comme un facteur important dans le développement de la cirrhose ou de l’hépatocarcinome, à côté de facteurs prédictifs de la progression de la maladie, les comorbidités telles que l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine peuvent être à l’origine d’évolution vers la chronicité. Actuellement, plusieurs génotypes sont décrits parmi lesquels certains comme le génotype 1, sont liés à des échecs thérapeutiques et semble influencer l’évolution vers la cirrhose ou le cancer du foie. En Afrique, et plus particulièrement en Côte d’Ivoire, alors la prévalence de l’hépatite est d’environ 10% dans la population générale, la plupart des patients ne sont pas sous traitement du fait de coût élevé des molécules. Les hépatites chroniques y sont donc fréquentes.
Objectifs spécifiques
1. Evaluer la circulation des hépatites virales A, B, C dans différentes populations
2. Valider des outils de diagnostic moléculaire des hépatites virales A, B et C
3. Déterminer les différents génotypes d’hépatites virales B et C circulants
4. Suivre l’apparition de mutants résistants chez des patients sous traitement
5. Etudierles biomarqueurs
Décomposition du programme en 2010-2011
· Etude de l’hépatite virale B chez les enfants de moins de 5 ans en Côte d’Ivoire
· Hépatites virales B et C dans le carcinome hépatocellulaire à Abidjan
Programme IV-4 Agents infectieux du tractus génital
Coordonnateur : Pr FAYE KETTE Hortense
Contexte et justification du programme
Les infections de l’appareil reproducteur de l’homme et de la femme sont dues à des microorganismes. En Côte d’Ivoire, les IST sont endémiques et le pays représente la zone ou la prévalencde du VIH est la plus élevée en Afrique de l’ouest.
L’Institut Pasteur de Côte d’Ivoure s’interèsse à certains microorganismes pathogènes de l’appareil reproducteur ayant un impact en santé publique :
· soit du fait de leur capacité à entrainer des cancers génitaux (papillomavirus humain)
· soit du fait de leur retentissement sur l’appareil reproducteur (infertilité et chlamydia trachomatis)
· soit du fait qu’ils sont capables d’interagir pour faciliter la transmission du VIH (myciplasma genitalium, herpes simplex virus et agents des ulcérations génitales)
· soit du fait de leur propension à développer des résistances et à compliquer les schémas thérapeutiques chassiques (Neisseria gonorrhoeae).
Par ailleurs, ce programme s’intéresse au microbiome de la flore commensable de la muqueuse vaginale notamment aux bactéries à haut risque infectieux notamment chez les nouveaux-nés (streptococcus du groupe B).
Objectifs du programme
1. Etudier du point du vue moléculaire les souches de Neisseria gonorrhoeae, de Mycoplasma génitaux, de Herpes Simplex Virus et de Chlamydia trachomatis
2. Etudier du point de vue moléculaire les souches de Papillomavirus humains
3. Etudier le microbiome vaginal notamment les bactéries vaginales à haut risque d’infection (BVHRI) chez les nouveaux-nés.
Décomposition du programme en 2010-2011
· Etude des Mycoplasmes génitaux cultivables: Caractères biologiques de l’infection à Ureaplasma urealiticum et Mycoplasma hominis
· Streptocoque du Groupe B responsables d’infections materno-foétales à Abidjan de 2010 à 2011
Perspectives
1. Etudier du point de vue moléculaire les souches de Neisseria gonorrheoae responsables de symptomatologies particulières
2. Etudier les facteurs de virulence des souches de Neisseria gonorrheoae
3. Etudier les génotypes, les variants génétiques associés aux cancers, aux états précancéreux avant l’utilisation des vaccins antipapillomavirus dans le pays
4. Etudier la variabilité des souches de HPV à haut risque de cancers
5. Caractériser les souches de Streptococcus du groupe B responsables d’infections chez le nouveau-né
