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Renforcer les capacités des chercheurs africains en matière de séquençage de nouvelle génération

par Bakayoko Segbe

Du 29 avril au 6 mai 2024, le Centre Suisse de Recherches Scientifiques de Côte d’Ivoire a accueilli une formation sur le séquençage métagénomique de nouvelle génération. Une dizaine de chercheurs venus de Côte d’Ivoire, de Guinée et du Mali y ont participé. Ils représentaient le CSRS, l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire (IPCI), l’Institut National de Santé Publique (INSP) en Guinée et le Centre pour le Développement des Vaccins (CDV) au Mali. Pendant une semaine, ces chercheurs ont été formés au séquençage métagénomique et à l’analyse bioinformatique.

Le séquençage est un processus utilisé pour décoder l’information génétique contenue dans l’ADN. Il existe plusieurs techniques de séquençage. L’un des plus récents est le séquençage métagénomique de nouvelle génération (mNGS). Dans un article publié en 2023 dans la revue Frontiers in microbiology, le Dr Kanny Diallo, chercheur associé au CSRS, affirme que le mNGS « permet une étude approfondie des génomes des communautés microbiennes. Le mNGS ouvre un vaste champ de possibilités et d’applications pour le diagnostic des maladies. Ceci est réalisé grâce à un certain nombre de fonctionnalités, notamment le séquençage de nouvelle génération, qui implique le séquençage massif et parallèle de millions de fragments d’ADN, fournissant ainsi de grandes quantités de données.

Malgré les avantages qu’offre le mNGS pour la santé publique, son accès reste limité dans les pays à revenu intermédiaire ou faible. À bien des égards, le renforcement des capacités est nécessaire. Au CSRS, le projet « Real Etiology of Meningitis in West Africa » est financé dans le cadre de la Metagenomic Grand Challenges Initiative, un partenariat entre la Fondation Bill & Melinda Gates, le Chan Zuckerberg Bio Hub et la Chan Zuckerberg Initiative. L’objectif du projet est d’appliquer une approche métagénomique impartiale pour dépister simultanément plusieurs agents pathogènes connus pour causer la méningite (bactéries, virus, champignons ou parasites) et identifier de nouveaux agents non encore découverts. La formation sur le séquençage métagénomique de nouvelle génération fait partie du projet « Étiologie réelle de la méningite en Afrique de l’Ouest ».

Nous espérons qu’avec les résultats de ce projet, nous serons en mesure de démontrer les avantages de l’application du mNGS pour améliorer le diagnostic et la surveillance de la méningite et soutenir le développement futur de vaccins de manière durable dans les pays à revenu faible ou intermédiaire. Nous plaidons également pour un soutien continu à ces efforts de renforcement des capacités qui nous permettront de développer le réseau de laboratoires africains équipés pour le mNGS. Tout cela est crucial pour atteindre l’objectif ultime de vaincre la méningite d’ici 2030.

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