Abidjan, le 15 juillet 2025 – Dans le cadre du projet IPCI-CDC GHSA visant à renforcer les systèmes de laboratoire de santé publique, l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire (IPCI) organise un atelier intensif du 15 au 25 juillet 2025 sur la génération de séquences et l’analyse de données des maladies prioritaires. Cet événement s’inscrit dans une dynamique régionale visant à améliorer la détection des épidémies et la lutte contre la résistance aux antimicrobiens (RAM) grâce aux technologies de séquençage de nouvelle génération (NGS).
La Côte d’Ivoire, comme d’autres pays d’Afrique subsaharienne, fait face à des menaces sanitaires complexes : épidémies de méningite, choléra, variants viraux émergents et bactéries résistantes aux antibiotiques. Pour y répondre, l’IPCI, qui héberge 20 Centres Nationaux de Référence, mise sur la métagénomique (mNGS) et le séquençage haut débit. Ces outils permettent d’identifier des pathogènes sans hypothèse préalable, une avancée majeure pour la surveillance One Health (santé humaine, animale et environnementale).
Après une première phase de formation axée sur les bases techniques, cet atelier approfondira l’exploration génomique des pathogènes prioritaires, avec le soutien de l’Africa CDC et des experts locaux et internationaux.
L’atelier vise à :
- Former 12 professionnels aux workflows complets de mNGS, du laboratoire à l’analyse bioinformatique.
- Exploiter des technologies comme Illumina NextSeq 550 et Oxford Nanopore.
- Produire des données génomiques sur des pathogènes cibles (méningocoques, vibrions cholériques, bactéries RAM, etc.).
- Standardiser des protocoles pour une surveillance nationale plus efficace.
Les participants aborderont :
- Les enjeux de la surveillance génomique en santé publique.
- Les protocoles de séquençage (tagmentation, enrichissement ciblé).
- L’analyse bioinformatique (assemblage, annotation, détection de variants).
- Des études de cas concrets sur des pathogènes d’intérêt.
- La gestion des données et les bonnes pratiques de laboratoire.
Dirigé par Dr Ako Aristide Berenger Formateur Principal, l’atelier réunit des facilitateurs spécialisés en métagénomique, bioinformatique et bases de données, dont Dr Umar, représentant régional de l’Africa CDC.
Les participants proviennent de divers départements de l’IPCI, du Laboratoire National de Santé Publique (LNSP)