La plateforme de génétique moléculaire annonce la tenue de quatre sessions de formation en séquençage de nouvelle génération et en analyses bioinformatiques des données, qui se dérouleront en 2025. Ces formations, offrant un équilibre entre théorie et pratique, auront lieu dans une technopole disposant d’équipements de pointe.
1. Contexte
Les avancées en séquençage de nouvelle génération (NGS), grâce à des technologies comme Illumina et Oxford Nanopore (ONT), transforment la biologie moderne. Tandis qu’Illumina est particulièrement adaptée aux lectures courtes et aux applications de précision, ONT se distingue par sa capacité à générer des lectures longues, facilitant ainsi l’analyse de génomes complexes. Ensemble, ces technologies permettent d’optimiser les analyses génomiques.
2. Émergence des besoins en bio-informatique
L’essor du séquençage à haut débit entraîne un volume énorme de données nécessitant des outils d’analyse avancés pour en extraire des informations biologiques pertinentes. Une formation en bio-informatique devient donc essentielle pour permettre aux chercheurs et techniciens de manipuler efficacement ces données. Les outils bio-informatiques, allant des logiciels de contrôle qualité à ceux d’analyse phylogénétique, transforment les données brutes en informations exploitables.
3. Objectifs du cours
Cette formation vise à vulgariser le séquençage de nouvelle génération et à initier à la gestion des big data générés. Les participants acquerront des compétences pratiques, allant de la préparation des échantillons à l’analyse des données, comprenant le contrôle qualité, l’alignement des séquences, la détection de variants, et la construction d’arbres phylogénétiques.
À l’issue de la formation, les participants seront capables de :
Extraire de l’ADN et de l’ARN à partir de divers échantillons (humains, animaux, environnementaux, végétaux).
Évaluer les concentrations des extraits et réaliser des contrôles qualité (Nanodrop, Qubit, Fragment Analyzer).
Préparer des librairies et paramétrer les équipements pour NGS (MINion MK1C, NextSeq 550) pour générer leurs propres données NGS.
Organiser les métadonnées, effectuer des contrôles qualité et mener des analyses bio-informatiques complètes (reconstitution du génome, alignement et phylogénie).
4. Programme du cours
Semaine 1 : Wet Lab (séquençage Illumina NextSeq 550 et ONT MinION MK1C)
Cette semaine vise à fournir une compréhension pratique des technologies de séquençage, en mettant l’accent sur la préparation des échantillons et la génération de données.
Introduction aux technologies NGS : différences entre NGS et techniques classiques, principes et applications d’Illumina et ONT.
Préparation des échantillons : extraction, quantification et contrôle qualité.
Génération de données brutes : séquençage avec Illumina et ONT, gestion et stockage des données.
Semaine 2 : Analyse Bio-informatique des données NGS
Cette semaine introduit les outils bio-informatiques pour analyser les données de séquençage, avec un focus sur le contrôle qualité et l’alignement des séquences.
Ressources biologiques et banques de données.
Introduction à la bio-informatique et formats de fichiers de séquences.
Organisation des métadonnées et contrôle qualité des séquences.
Introduction à Linux et Galaxy pour les analyses bio-informatiques.
Contrôle qualité et nettoyage des données.
Alignement des séquences et détection de variants.
Construction d’arbres phylogénétiques à partir des données alignées.
5. Profil et prérequis des participants
Ce cours s’adresse à des candidats ayant un niveau maîtrise en biologie moléculaire. Les participants doivent :
Avoir une expérience en analyses PCR au laboratoire.
Être familiers avec l’informatique et posséder un ordinateur personnel.
Être disponibles pour suivre la formation en intégralité.
6. Format de cours
Les formations se dérouleront sur deux semaines intensives, à raison de cinq jours par semaine, combinant théorie et pratique dans des petits groupes avec un accompagnement pédagogique.
Sessions prévues :
Formation 1 : du 17 au 28 Février 2025
Formation 2 : du 12 au 23 Mai 2025
Formation 3 : du 18 au 29 Août 2025
Formation 4 : du 17 au 28 Novembre 2025
Les cours auront lieu à la Plateforme de Génétique Moléculaire de l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire, à Adiopodoumé.
7. Inscription au cours
Les candidats devront s’acquitter d’un montant de 50 000 F CFA par E-money au (+225) 05 46 21 51 02 (frais de transaction inclus) et envoyer leur CV à plateformegenemol@pasteur.ci. Le coût total de la formation est de 250 000 F CFA, à régler en une fois ou en plusieurs fois.
Veuillez préciser dans l’email la session choisie (1, 2, 3 ou 4).
Infoline : (+225) 05 46 21 51 02.
8. Modalités d’Évaluation
Les participants seront évalués de manière continue à travers des exercices pratiques, suivis d’un mini-projet en fin de formation sur des données réelles, aboutissant à un certificat de formation.
9.Formateurs
Les sessions seront animées par des experts nationaux et internationaux en biologie moléculaire, bio-informatique et séquençage NGS, bénéficiant d’une expérience reconnue dans la formation de chercheurs et techniciens.