Cocody, le 21 mars 2025, La salle de Conférence de l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire a abrité du 19 au 21 mars 2025, à l’attention d’une douzaine de chercheurs, un atelier de formation sur la gestion et la transmission des données et la diffusion des résultats de la surveillance génomique des maladies prioritaires, qui restent des défis majeurs limitant l’impact des initiatives régionales.
Placée sous la présidence du Professeur MÉITÉ Syndou, Directeur de l’Institut Pasteur de Côte d’Ivoire, cette formation qui a alterné durant 3 jours, des sessions théoriques (40 %) et ateliers pratiques (60 %), a été dispensée par le Docteur AKO A. Aristide Bérenger, Coordonnateur de l’équipe du Laboratoire de Génomique et Métagénomique Microbienne et le Docteur ASSOHOUN Stanislas, Associé au Laboratoire de Génomique et Métagénomique Microbienne. Statutaire à l’Université Lorougnon GUÉDÉ de Daloa, chargé du département des Sciences Informatiques.
Cet atelier avait pour objectifs de (i) structurer des plans de gestion de données (DMP) adaptés aux contextes africains, (ii) appliquer des outils de contrôle qualité (FastQC, MultiQC) et d’alignement (BWA, Bowtie2), (iii) soumettre des séquences aux bases SRA, ENA et GISAID, (iv) utiliser des workflows automatisés (scripts Bash, pipelines Galaxy), (v) harmoniser les protocoles opérationnels standardisés (SOP) pour la surveillance génomique et (vi) créer un réseau francophone de partage de données en temps réel.
Pour atteindre les résultats escomptés de renforcement de capacités en surveillance génomique, cet atelier participatif a couvert un certain nombre de sujets, notamment un rappel sur la Surveillance Génomique en Santé Publique, l’analyse Bio-informatique des Données Mngs, l’études de Cas sur les Pathogènes Prioritaires, les bonnes Pratiques de Laboratoire (BPL), la Gestion des Données, les applications en Surveillance Réelle et les travaux Pratiques Structurés.
Un quiz évaluatif et une remise d’attestation aux participants ont permis de clore ce séminaire.
Notons que la surveillance génomique est un outil indispensable pour suivre l’évolution des maladies infectieuses prioritaires en Afrique, telles que le choléra, la méningite, la fièvre hémorragique d’Ebola et les pathogènes résistants aux antimicrobiens.